Sistem pengajian pondok telah menuju zaman kegemilangannya pada abad ke-20M. Keadaan ini berlaku kerana para ulama terdahulu yang berjaya melahirkan anak murid berkebolehan dan berjaya menanam semangat mencintai agama di kalangan masyarakat. Ini diikuti pula dengan karangan dan terjemahan kitab-kitab agama oleh guru-guru yang berdedikasi. Pada masa kini, kitab-kitab tidak lagi ditulis dengan tangan tetapi dicetak. Menurut rekod, kitab-kitab jawi mula dicetak pada dekad 1880-an di Makkah, Mesir dan Istanbul. Kitab jawi pertama yang di cetak dapat dikesan ialah Hidayat al-Salikin karangan Sheikh Abdul Samad al-Falimbani, yang dicetak di Mesir pada tahun 1881. Ini kemudian diikuti oleh kitab-kitab Sharh Hikam Melayu oleh Tok Pulau Manis, Terengganu pada tahun 1882. Bidayat al-Hidayat oleh Sheikh Muhammad Zain bin Faqih Jalal al-Din Acheh pada tahun 1883, Minhaj al-‘Abidin, sebuah kitab tasawuf yang diterjemahkan oleh Sheikh Daud al-Fatani pada tahun 1887. Kewujudan kitab-kitab bercetak ini telah memudahkan orang ramai mengikuti halaqat pengajian agama di pondok-pondok dan masjid-masjid. Kemunculan kitab yang dicetak dan dikarang dalam bahasa Melayu ini juga turut menyebabkan perkembangan pondok semakin rancak dan menjadi sebuah institusi yang paling terkenal pada ketika itu.

Meskipun peranan institusi pondok besar dalam sejarah perkembangan Islam di Tanah Melayu tetapi perkembangannya semakin merosot pada tahun-tahun selepas merdeka, ini berikutan pertubuhan pesat sistem pengajian agama dalam bentuk persekolahan (madrasah) dan juga proses pembaratan yang dibawa oleh Inggeris meresap masuk dalam pentadbiran Negara, termasuk pendidikan Masyarakat Melayu moden mula menghantar anak-anak mereka ke sekolah sekular. Tambahan pula, lepasan sekolah yang ditubuh oleh kerajaan lebih mudah untuk mendapat pekerjaan. Beberapa dekad selepas merdeka, terdapat hanya beberapa buah saja pondok yang masih ‘hidup’ di Kelantan seperti pondok Pasir Tumbuh, pondok Kubang Bemban, pondok Lubuk Tapah, pondok Sungai Durian, pondok Bukit Abal dan pondok Beta Hilir. Ianya bertepatan dengan hadis ke-4 dari 40 hadis peristiwa akhir zaman. Iaitu ILMU AGAMA AKAN BERANSUR-ANSUR HILANG.

Daripada Abdullah bin Amr bin ash' ra berkata : Aku mendengar Rasulullah SAW bersabda :" Bahawasanya Allah SWT tidak mencabut (menghilangkan) akan ilmu itu dengan sekaligus dari (dada) manusia. Tetapi Allah SWT menghilangkan ilmu itu dengan mematikan alim-ulama. Maka apabila sudah ditiadakan alim-ulama, orang ramai akan memilih orang-orang yang jahil sebagai peminpin mereka. Maka apabila pemimpin yang jahil itu ditanya, mereka akan berfatwa tanpa ilmu pengetahuan. Mereka sesat dan menyesatkan orang lain."- H.R. MUSLIM

Sekarang ini alim-ulama sudah berkurangan. Satu demi satu pergi meninggalkan kita. Kalau peribahasa Melayu mengatakan "patah tumbuh hilang berganti", peribahasa itu tidak tepat berlaku kepada alim-ulama. Mereka patah sayap payah tumbuh dan hilang payah berganti. Sampailah suatu masa nanti permukaan bumi ini akan kosong dari ulama. Maka pada masa itu sudah tidak bererti lagi kehidupan di dunia ini. Alam penuh dengan kesesatan. Manusia telah kehilangan nilai dan pegangan hidup. Sebenarnya alim-ulama lah yang memberikan makna dan erti pada kehidupan manusia di permukaan bumi ini. maka apabila telah pupus alim ulama, hilanglah segala sesuatu yang bernilai.

Di akhir-akhir ini kita telah melihat gejala-gejala yang menunjukkan hampirnya zaman yang dinyatakan oleh Rasulullah SAW tadi. Dimana bilangan ulama-ulama hanya tinggal sedikit dan usaha untuk melahirkan pula tidak mendapat perhatian yang sewajarnya. Pondok-pondok dan sekolah-sekolah agama kurang mendapat perhatian daripada cerdik pandai. Mereka banyak mengutamakan pengajian-pengajian di bidang urusan keduniaan yang dapat meraih keuntungan harta benda dunia. Inilah realiti masyarakat kita di hari ini. Oleh itu, perlulah kita memikirkan hal ini dan mencari jalan untuk menyelesaikannya.

Pondok sebagai sebuah institusi pendidikan Islam tertua di rantau ini muncul dan berkembang sesuai dengan keadaannya. Ia masih mampu bertahan hingga ke hari ini, meskipun mengalami pelbagai rintangan dan halangan dalam mengharungi arus kemodenan. Meskipun demikian, pengajian pondok masih utuh sebagai sebuah gedung ilmu Islam dan institusi pendidikan Islam yang belum diserapi dengan pengaruh Barat. Justeru, perkembangannya sejak kebelakangan ini, menunjukkan pengajian pondok memasuki satu era kebangkitan semula setelah sekian lama mengalami kemerosotan. Gelombang kebangkitan ini mula menarik minat sesetengah anak-anak muda dewasa untuk mendalami dan meneroki ilmu agama. Keghairahan ini atas dorongan hati kecil mereka yang merasai ketandusan didikan rohani. Oleh hal yang demikian, mereka berazam untuk memperbaiki dan bertekat untuk mengebalikan semula ketinggian tamadun Islam dalam bidang keilmuan.